Frá því að Reykjavíkurborg tók við rekstri Perlunnar hefur orðið algjör viðsnúningur og eru tekjur borgarinnar af henni umtalsverðar ár hvert. Í fyrra voru útgjöld tengd Perlunni um 92 milljónir króna en tekjurnar voru hins vegar um 200 milljónir. Það þýðir að Reykjavíkurborg græðir ár hvert um 108 milljónir króna á Perlunni. Þrátt fyrir þetta þá hefur meirihlutinn í Reykjavík ákveðið að hefja söluferli á Perlunni auk tveggja vatnstanka í Öskjuhlíð.
Það er þó óvíst hvort nokkur vilji kaupa hana en Orkuveitan átti hana þar til ársins 2013. Þá reyndi hún að selja hana, en það misheppnaðist og endaði með því að Reykjavíkurborg fékk hana „að gjöf“. Þá voru líklegustu kaupendurnir Rússar sem vildu opna spilavíti í Perlunni. Hver getur dæmt fyrir sig um hvort borginni væri betur búið ef þau áform hefðu gengið eftir.
Svo má benda á að það að reksturinn í Perlunni virðist ganga illa án aðkomu borgarinnar. Dagur B. Eggertsson borgarstjóri raunar segir það beinum orðum í greinagerð um mögulega sölu Perlunnar: „Þegar Reykjavíkurborg keypti Perluna stóð rekstur fasteignarinnar ekki undir sér og tekjur voru rétt nægjanlegar fyrir fasteignagjöldum og lóðarleigu. Því var greitt með fasteigninni. Reykjavíkurborg tókst eftir opið auglýsingaferli að tryggja not hússins sem nú hýsir fjölsótta náttúru- og vísindasýningu, auk veitingarekstrar.“